医院污水首先由排水管道汇集自流进入化粪池消纳处理后，出水进入格栅井，利用格栅去除污水中夹带的较大的漂浮、悬浮杂物等，使污水中不可降解性SS浓度降低，保证污水处理系统的畅通。接着污水进入水解池进行酸化水解，在兼性微生物的作用下，将大分子有机物质水解成小分子物质以达到吸附、截留、降解污染物及提高水质的可生化性的目的。生物接触氧化池内好氧微生物包括硝化菌的代谢作用，高效去除污水中的有机物和氨氮同时，在好氧微生物（硝化菌）的作用下，大部分含氮有机物转化成亚硝酸盐和硝酸盐，从而实现氨氮的转化。出水进入二沉池以沉淀分离生化系统产生的污泥，同时设置潜水式污泥回流系统，回流生化污泥，达到缩短处理系统运行培菌调试周期，实现污泥硝化循环，尽量减少污泥排放量。
经终端生化处理后达标的污水进入消毒区，通过二氧化氯的消毒作用，保证排放污水中大肠杆菌群数达到排放指标要求。
